В репозиторий стоит класть только исходники проекта. А вот служебные и генерируемые файлы хранить не нужно: они засоряют историю и раздувают репозиторий.
Типичные кандидаты на игнор: папка node_modules, файлы сборки (dist, build), логи, временные файлы редактора, секреты (.env с паролями и ключами!).
Чтобы Git их не отслеживал, создайте в корне файл .gitignore и перечислите шаблоны:
node_modules/ dist/ *.log .env .DS_Store
Теперь git status перестанет показывать эти файлы, а git add . их не подхватит. Важно: .gitignore влияет только на ещё не отслеживаемые файлы; если файл уже попал в историю, его нужно отдельно убрать из отслеживания.