Зайдите в папку будущего проекта и выполните:
git init
Эта команда создаёт скрытую подпапку .git — именно в ней Git хранит всю историю и настройки. Сам проект при этом выглядит как обычная папка с файлами; удалите .git — и проект перестанет быть репозиторием, превратившись в простую папку.
Проверить, что вы внутри репозитория и в каком он состоянии, помогает: git status
Сразу после git init Git скажет, что коммитов ещё нет, а все файлы «не отслеживаются» (untracked). Это нормальная стартовая точка.
Если проект уже лежит на GitHub, вместо init используют клонирование — об этом в разделе про GitHub.